MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Synechocystis sp. PCC 6803 plasmid pSYSX

Total Repeats: 281

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005232	TGGT	2	8	65	72	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_005232	GTA	2	6	97	102	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_005232	CTG	2	6	136	141	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_005232	CGA	2	6	156	161	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_005232	AGGC	2	8	180	187	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
6	NC_005232	CCG	2	6	203	208	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_005232	CAA	2	6	258	263	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_005232	TCT	2	6	269	274	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_005232	AAAG	2	8	381	388	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_005232	GTG	2	6	3102	3107	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_005232	AAACT	2	10	3112	3121	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_005232	ATT	2	6	3271	3276	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_005232	CTTA	2	8	3339	3346	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
14	NC_005232	AAT	2	6	3358	3363	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_005232	CAG	2	6	3369	3374	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_005232	AAAG	2	8	3421	3428	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_005232	TTTA	2	8	3456	3463	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_005232	ATT	2	6	3481	3486	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_005232	A	7	7	3785	3791	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_005232	A	7	7	3827	3833	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_005232	CCGG	2	8	4430	4437	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
22	NC_005232	GCC	2	6	6315	6320	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
23	NC_005232	ACC	2	6	6349	6354	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_005232	ATT	2	6	7482	7487	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_005232	CTTT	2	8	7488	7495	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_005232	CTC	2	6	7527	7532	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_005232	T	6	6	7535	7540	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_005232	GGA	2	6	7550	7555	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_005232	GAA	2	6	8607	8612	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_005232	CT	3	6	10210	10215	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_005232	T	6	6	10267	10272	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_005232	CAC	2	6	10361	10366	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_005232	AGAA	2	8	10931	10938	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_005232	TTA	2	6	10997	11002	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_005232	ATT	2	6	11026	11031	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_005232	T	7	7	11133	11139	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_005232	ATA	2	6	11147	11152	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_005232	A	6	6	11169	11174	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_005232	TAT	2	6	11230	11235	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_005232	ATTT	2	8	11238	11245	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_005232	TAAA	2	8	11250	11257	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_005232	T	6	6	11264	11269	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_005232	CAA	2	6	11298	11303	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_005232	T	6	6	11304	11309	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_005232	AATC	2	8	21484	21491	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_005232	AT	3	6	21492	21497	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_005232	T	6	6	21517	21522	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_005232	T	6	6	21530	21535	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_005232	A	6	6	21795	21800	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_005232	AAG	2	6	21818	21823	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_005232	G	9	9	22071	22079	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
52	NC_005232	T	6	6	22158	22163	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_005232	AAGA	2	8	22172	22179	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_005232	A	6	6	22415	22420	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_005232	ATTA	2	8	22433	22440	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_005232	GAAA	2	8	22443	22450	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_005232	ATATA	2	10	22455	22464	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_005232	A	6	6	22480	22485	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_005232	T	6	6	22962	22967	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_005232	ATCA	2	8	22970	22977	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_005232	C	6	6	22978	22983	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
62	NC_005232	CCT	2	6	23038	23043	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_005232	TGG	2	6	23852	23857	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_005232	CAAT	2	8	23875	23882	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_005232	TTAT	2	8	24176	24183	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_005232	CCA	2	6	24233	24238	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_005232	AGCAA	2	10	24483	24492	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_005232	AAG	2	6	24500	24505	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_005232	ATT	2	6	24557	24562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_005232	CCA	2	6	24605	24610	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_005232	T	6	6	24629	24634	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_005232	T	6	6	25207	25212	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_005232	C	6	6	25494	25499	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
74	NC_005232	CCA	2	6	25509	25514	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
75	NC_005232	AGA	2	6	25734	25739	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_005232	GGA	2	6	25818	25823	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_005232	TGA	2	6	25870	25875	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_005232	ACA	2	6	25923	25928	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_005232	GAT	2	6	25996	26001	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_005232	GAA	2	6	26009	26014	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_005232	C	6	6	26052	26057	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
82	NC_005232	CCA	2	6	26067	26072	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_005232	A	8	8	26686	26693	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_005232	T	6	6	27392	27397	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_005232	CT	3	6	27465	27470	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_005232	T	6	6	27490	27495	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_005232	CTA	2	6	27523	27528	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_005232	A	6	6	27551	27556	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_005232	AAC	2	6	27805	27810	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_005232	CTTG	2	8	27829	27836	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_005232	GCG	2	6	27837	27842	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_005232	AGAA	2	8	27891	27898	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_005232	AAG	2	6	27925	27930	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_005232	AGG	2	6	27943	27948	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_005232	T	6	6	31327	31332	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_005232	TGAAC	2	10	31906	31915	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_005232	GAA	2	6	32026	32031	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_005232	T	7	7	32060	32066	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_005232	AAT	2	6	32582	32587	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_005232	GTT	2	6	33501	33506	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_005232	AAT	2	6	33517	33522	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_005232	CAG	2	6	33531	33536	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_005232	ATT	2	6	33601	33606	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_005232	T	6	6	33664	33669	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_005232	A	6	6	33693	33698	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_005232	ATG	2	6	33762	33767	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_005232	GGT	2	6	33822	33827	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_005232	A	6	6	33834	33839	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_005232	TAT	2	6	33843	33848	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_005232	TGA	2	6	34345	34350	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_005232	TTTGC	2	10	34734	34743	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_005232	AGG	2	6	34767	34772	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_005232	ATTT	2	8	42318	42325	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_005232	GA	3	6	42871	42876	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_005232	AAT	2	6	42974	42979	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_005232	TCTT	2	8	43021	43028	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_005232	TTG	2	6	43395	43400	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_005232	TGATC	2	10	43433	43442	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_005232	T	7	7	47820	47826	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_005232	ATT	2	6	54285	54290	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_005232	TTG	2	6	54296	54301	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_005232	CAT	2	6	55326	55331	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_005232	TTCA	2	8	55470	55477	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
124	NC_005232	ATG	2	6	56840	56845	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_005232	ATT	2	6	56917	56922	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_005232	ATT	2	6	56927	56932	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_005232	TGA	2	6	56939	56944	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_005232	ACT	2	6	56954	56959	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_005232	ATG	2	6	57002	57007	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_005232	TATT	2	8	57675	57682	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_005232	ATT	2	6	57988	57993	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_005232	AAT	2	6	58075	58080	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_005232	CAG	2	6	58086	58091	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_005232	AAAG	2	8	58138	58145	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_005232	TTTA	2	8	58173	58180	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_005232	A	7	7	58502	58508	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_005232	A	7	7	58544	58550	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_005232	CCGG	2	8	59148	59155	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
139	NC_005232	GCC	2	6	61033	61038	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_005232	ACC	2	6	61067	61072	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
141	NC_005232	ATT	2	6	62200	62205	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_005232	CTTT	2	8	62206	62213	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_005232	CTC	2	6	62245	62250	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
144	NC_005232	T	6	6	62253	62258	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_005232	GGA	2	6	62268	62273	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
146	NC_005232	GAA	2	6	63325	63330	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_005232	CT	3	6	64928	64933	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
148	NC_005232	T	6	6	64985	64990	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_005232	CAC	2	6	65079	65084	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
150	NC_005232	AGAA	2	8	65649	65656	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_005232	TTA	2	6	65715	65720	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_005232	ATT	2	6	65744	65749	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_005232	T	7	7	65851	65857	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_005232	ATA	2	6	65865	65870	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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156	NC_005232	TAT	2	6	65948	65953	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_005232	ATTT	2	8	65956	65963	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_005232	TAAA	2	8	65968	65975	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_005232	T	6	6	65982	65987	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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165	NC_005232	T	6	6	76248	76253	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_005232	A	6	6	76513	76518	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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172	NC_005232	ATTA	2	8	77151	77158	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_005232	GAAA	2	8	77161	77168	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
174	NC_005232	ATATA	2	10	77173	77182	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_005232	A	6	6	77198	77203	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_005232	T	6	6	77680	77685	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_005232	TTAT	2	8	78894	78901	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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185	NC_005232	AAG	2	6	79218	79223	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
186	NC_005232	ATT	2	6	79275	79280	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_005232	CCA	2	6	79323	79328	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
188	NC_005232	T	6	6	79347	79352	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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191	NC_005232	CCA	2	6	80227	80232	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
192	NC_005232	AGA	2	6	80452	80457	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
193	NC_005232	GGA	2	6	80536	80541	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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262	NC_005232	TAT	2	6	104927	104932	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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278	NC_005232	TGG	2	6	105571	105576	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
279	NC_005232	ATC	2	6	105840	105845	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
280	NC_005232	TGA	2	6	105938	105943	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
281	NC_005232	CTC	2	6	105959	105964	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.